Товар может прийти в негодность (испортиться) в результате, например, чрезвычайной ситуации, ненадлежащего обращения или истечения срока годности.
Испорченный (пришедший в негодность) товар спишите в бухгалтерском (бюджетном) учете по результатам инвентаризации в обычном порядке: сначала спишите потери от порчи товаров в пределах норм естественной убыли, затем сверх установленных норм.
Ущерб, полученный от порчи товара сверх установленных норм естественной убыли, отнесите на виновных лиц. Если виновные лица не установлены или суд отказал во взыскании с них причиненного ущерба, то спишите убыток на финансовый результат учреждения.

Стоимость товара, списанного в результате истечения срока годности, отнесите на уменьшение доходов от операций с активами.
Отражение в бухгалтерском (бюджетном) учете операций по списанию испорченных товаров оформите бухгалтерскими записями.

Расходы казенного учреждения, произведенные за счет лимитов бюджетных обязательств, не включаются в налоговую базу по налогу на прибыль (п. 49 ст. 270, п. 1 ст. 252 НК РФ). Это объясняется тем, что товары приобретены учреждением за счет бюджетных средств и не могут быть в целях гл. 25 НК РФ отнесены в состав расходов в соответствии с п. 1 ст. 252 НК РФ.

Бюджетные (автономные) учреждения в рамках приносящей доход деятельности испорченный товар учитывают:
• с истекшим сроком годности — в составе прочих расходов, связанных с производством и реализацией, на основании пп. 49 п. 1 ст. 264 НК РФ при условии, что эти расходы подтверждены документами, оформленными в соответствии с законодательством РФ (Письмо Минфина России от 09.07.2018 N 03-03-06/1/47374);
• в результате чрезвычайных ситуаций (стихийных бедствий, пожаров, аварий и других подобных ситуаций) — в составе внереализационных расходов, не связанных с производством и реализацией (пп. 6 п. 2 ст. 265 НК РФ);
• в пределах норм естественной убыли — в составе материальных расходов (пп. 2 п. 7 ст. 254 НК РФ);
• по вине работника — во внереализационных расходах на дату, когда виновник признал ущерб, или на дату, когда вступило в силу решение суда о взыскании ущерба с работника (пп. 8 п. 7 ст. 272 НК РФ).

Доходы в виде суммы возмещения ущерба, признанной должником, или подлежащие уплате на основании решения суда, вступившего в законную силу, являются внереализационными в целях гл. 25 НК РФ (п. 3 ч. 2 ст. 250 НК РФ).
При применении метода начисления внереализационные доходы включите в налоговую базу на дату признания виновным работником суммы подлежащего возмещению ущерба (дату вступления в силу решения суда) (пп. 4 п. 4 ст. 271 НК РФ).
При применении кассового метода этот доход признайте на дату поступления денежных средств от виновного работника в счет возмещения ущерба (п. 2 ст. 273 НК РФ).

Подробнее смотрите в фирменном материале КонсультантПлюс Готовое решение: Как учреждению списать испорченный товар (КонсультантПлюс, 2019)

Готовое решение: Как учреждению списать испорченный товар (КонсультантПлюс, 2019)